Las Gerencias sustantivas de Fonaguas son:
Gerencia de Recaudación por Aprovechamiento de Fuentes de Agua quien coordina la ejecución y actualización del sistema de registro de contribuyentes especiales (SIRCEF).
Gerencia de Fiscalización de las Fuentes de Captación de las Aguas que opera con los Fiscales Tributarios en materia de agua.
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